Bei mir wird Bluetooth auch nicht abgeschaltet, nur weil ein Android-Handy per USB-Kabel mit dem Auto verbunden ist um Android Auto zu nutzen. Ich habe zwei Handys im Auto per Bluetooth "angemeldet" und wenn ich das eine Handy davon per USB-Kabel mit dem Auto verbinde, ist das andere Handy selbstverständlich noch per Bluetooth verbunden und nimmt problemlos Anrufe entgegen.
Tatsächlich nutze ich sogar den AAwireless-Dongle und den OBDLink CX-Adapter gleichzeitig an einem Android-Handy. Das Handy verbindet sich zuerst per Bluetooth und dann per WLAN mit dem AAwireless-Dongle (vollautomatisch, so funktioniert Wireless Android Auto für die nötigen Datenraten), gleichzeitig per Bluetooth mit dem OBDLink CX-Dongle.
Das 2. Handy koppelt sich nur per Bluetooth gleichzeitig zum 1. Handy mit der Freisprecheinrichtung des Autos. Wahrscheinlich würde sogar ein 3. Handy per Bluetooth funktionieren, getestet habe ich es noch nicht.